Se encargo provisionalmente del mando el Presidente del Senado, Carlos Freile Zaldumbide, hasta que Estrada asumió el poder, el 1º de septiembre de 1911.
Inició su mandato con bríos y despliegue de iniciativas pero falleció el 22 de diciembre de ese mismo año, a menos de cuatro meses de asumir el mando.
Entonces se realizaron de golpe todos los temores del “Viejo Luchador”: el General Flavio Alfaro se lanzó en armas en Esmeraldas, proclamándose Jefe Supremo del país. Otro tanto hizo en Guayaquil el general Pedro J. Montero, quien luego telegrafió a Alfaro y le pidió venir a encabezar la nueva insurgencia.
Alfaro vino, pero no para liderar la insurgencia sino para promover un arreglo pacífico entre las diversas facciones liberales. Más todos sus esfuerzos de negociación fueron vanos y la guerra civil estalló una vez más, sangrienta brutal, incontenible. Flavio Alfaro y Montero unieron sus fuerzas para enfrentar a las del gobierno, comandadas por los generales Leonidas Plaza y Julio Andrade, las que bajaron hacia la costa y triunfaron en Huigra, Naranjito y Yaguachi ( 11 y 18 de enero de 1912). Pero los insurrectos tenían todavía en su poder la Gran Plaza de Guayaquil y vencerlos era todavía tarea difícil, y más si se considera que era época de invierno y que los soldados serranos se hallaban agobiados por el calor y las enfermedades del trópico.
Entonces don Eloy propuso una capitulación, que Plaza y Andrade aceptaron, garantizando la vida y libertad de los vencidos. Parecía que con esto se había evitado la continuación de tan sangrienta campaña ( solo en Yaguachi hubo más de 400 muertos) y que alboreaba ya la paz. Pero el gobierno de Quito pensaba lo contrario. Estimulado por la reacción clerical-conservadora, desconoció los acuerdos de armisticio firmados por sus generales en campaña y ordenó el apresamiento y enjuiciamiento de los jefes insurrectos. Entre ellos incluyó al “Viejo Luchador”, que ninguna participación había tenido en esta revuelta pero que era el símbolo mayor del radicalismo, tan odiado por la clerecía y la oligarquía .
Montero fue enjuiciado sumariamente en Guayaquil y asesinado durante el juicio; luego su cadáver fue arrastrado por las turbas. Los demás presos fueron conducidos a Quito, por órdenes del gobierno, con igual horrendo propósito. Junto a Flavio Alfaro, autor y líder de la revuelta, figuraban también todos aquellos líderes radicales a los que a la derecha temía y quería eliminar, aunque fuesen inocentes: los generales Medardo Alfaro, Manuel Serrano, Ulpiano Páez y el coronel y periodista Luciano Coral, cuyos artículos causaban escozor a los conservadores.
Los presos llegaron a Quito el 28 de enero y, tras la formalidad de entregarlos en el panóptico, fueron masacrados por una turba asalariada, dirigida por el jefe de la cochera presidencial. Luego sus cuerpos fueron arrastrados por la chusma fanatizada hasta el parque de el Ejido, donde se los incineró en esa que Alfredo Pareja llamará “hoguera bárbara”.
Entre los autores intelectuales del crimen se destacaron la prensa conservadora, que desde días atrás clamaba por la sangre de las futuras víctimas, y muchos beneficiarios de la revolución liberal, que habían trepado hasta las alturas del poder bajo la sombra generosa del radicalismo; a la cabeza de estos figuraban el Encargado del Poder, Carlos Freile Zaldumbide, el Ministro de Gobierno, Octavio Díaz el Ministro de Guerra general Juan Francisco Navarro y el obispo de Quito González Suarez.
Las raíces y los orígenes alfaristas y montoneros de la Comuna-LN, se reivindica en sus acciones y su práctica no ser solo palabra como el régimen actual pretende soslayar la imagen del viejo luchador, quien ofrendo su vida por el cambio y la transformación verdadera de la patria. Nuestro homenaje montonero y alfarista a la memoria de un guerrillero épico Eloy Alfaro.
La guerra de guerrillas revolucionarias es
invencible mientras haya razones
objetivas que la generan.